В числе святынь храма – старинная икона «Плачущий Спаситель» и старинный список иконы Божией Матери «Самарская». Оригинал Самарской иконы Божией Матери находился некогда в храме свт. Николая Мирликийского в казацком городке Новый Кодак, который известен с 1650 г. и к началу ХХ в. вошел в состав Екатеринослава. О Новом Кодаке напоминает сегодня название исторической местности «Новые Кайдаки» на западе правобережной части Днепропетровска. Следует отметить, что добавка «Новый» отличала казацкий городок от крепости Кодак, построенной в 1635 г. поляками для контроля над запорожцами и находившейся там, где у юго-восточной окраины Днепропетровска лежат на правом берегу Днепра Старые Кодаки. В 1770 г. икона Божией Матери в Свято-Николаевском храме Нового Кодака прославилась чудесами (в 1807-1810 гг. деревянный храм был заменен каменным, существующим доныне: пос. Новые Кайдаки, ул. Октябрят, 108). В 1772 г. последний атаман Запорожской Сечи Петр Калнишевский украсил святыню дорогой ризой. Управлявший в 1775-1779 гг. Славянской епархией архиепископ Евгений (Булгарис) перенес икону в свою резиденцию – Полтавский Крестовоздвиженский монастырь. Вскоре после перевода в 1803 г. кафедры в Екатеринослав, икону перенесли в Самарский монастырь (г. Новомосковск Днепропетровской области), где образ стал называться «Самарским» (после закрытия обители святыня была утрачена). Икона «Спаситель Плачущий» принадлежала жившей в Екатеринославе в XIX в. благочестивой вдове Анне Деевой. Однажды во время молитвы Деева увидела, что из очей Спасителя на иконе текут слезы. Когда в чуде удостоверились многие, святыню перенесли в Спасо-Преображенский собор. В ХХ в. она перенесена в Свято-Троицкий собор.